阿尔金山自然保护区位于阿尔金山南部，东昆仑山北部，西起若羌和且末两县分界线，东至新疆与青海两省区交界处，北到阿尔金山南部的祁漫塔格山，南为新疆与西藏分界的东昆仑山脉，东西长360公里，南北宽190公里，总面积为44940平方公里，这个数字让阿尔金山在自然保护区中称雄。冰川融水和地下泉水是高原盆地的主要水源，8条河流与众多的季节河，滋润着广袤的高山草场。海拔6973米的木孜塔格峰和新青峰不仅以冰雪世界为保护区增添风采，更是国内外登山者勇于攀登的目标。高原湖泊、高原沙漠和现代冰川及种类繁多的野生动物、植物是阿尔金山自然保护区的主要景观。进入保护区首先映人眼帘的是环绕高原盆地的冰峰雪山，它那巍峨壮观的雄姿，为保护区增添了无限的魅力。

　　野生动物是阿尔金山自然保护区内最大的看点，种类之丰富，数量之庞大，分布之集中，在全国自然保护区中都是罕见的。现已发现60多种野生动物，其中被列为国家一类保护的动物有牦牛、藏野驴、藏羚、雪豹、盘羊、藏雪鸡、黑颈鹤;二类保护动物有猞猁、棕熊、藏原羚、雪鸡、金雕、玉带海雕、胡秃鹫、兔狲、岩羊、青羊、游隼等。据不完全统计，有藏羚羊9万余只，藏野驴3万多头，野牦牛l万多头。各种水鸟主要聚居在北部的库木库勒湖;各种高原有蹄类动物则汇集在东南水草丰美的大九坝;东部的库木库勒沙漠只能作为一些动物的临时避难所;许多有蹄类动物产仔，喜欢到阿万克库木湖以西的枯草荒漠缺淡水区寻找安全地带。在库木库里沙漠南部，祁曼塔格山脚下，“隐居”着美丽的高原淡水湖——依协克帕提湖，湖的面积虽只有11.8平方公里，但湖周因植被丰富，景色独特，每年春夏之交，成千上万只黑颈鹤、白鹭、银鸥、灰鹤、斑头雁、棕头鸥、赤麻鸭、绿头鸭、红脚鹬等候鸟从南方飞来依协克帕提湖“天堂”生息繁育。这里是保护区内唯一有牧民居住的地方。

　　魔鬼谷是阿尔金山自然保护区最恐怖也是最神秘的地方。在保护区东部，东昆仑山与祁漫塔格山，两山对峙，端有一段100公里长的谷地。夏季，这里雨量充沛，气候湿润，牧草茂密，鲜花遍布，大小湖泊星罗棋布，当地牧民还曾给它起了个好听的名字：那棱格勒谷，谷中之河为那棱格勒河。“那棱格勒”是蒙古语“太阳”之意。就是这个景色迷人的峡谷，却被人们视为有魔鬼的禁区，充满着恐怖的气氛。然而，每当黑云笼罩山谷，隆隆雷声伴随着阵阵阴风和道道闪电，谷中到处是蓝莹莹的鬼火，听到人绝望悲惨地嚎哭，动物凄厉地吼叫，雷雨过后，谷中到处是动物的尸体。夏季，人畜不小心便会陷入水草覆盖的泥沼之中，若掉人流向不定的暗河里，还会“移尸”他地。就算晴天在“魔鬼谷”探险，gbs定位设备失灵，指南针神经错乱，所有现代设备一律瘫痪。上有雷暴，下有陷阱，道旁有白骨，岩石之上还立着等待吞食你的秃鹫。那棱格勒谷，改名为魔鬼谷。科学家们解开了令人毛骨悚然的“魔鬼谷”之谜：那棱格勒河谷是一个雷击区，这里有大面积强磁性的玄武岩，还有30多个铁矿脉及石英体。湿润空气在河谷聚集，形成雷雨云;加上地下强磁场的作用，很容易形成“雷暴”现象。原来“魔鬼”就是雷电和强磁场。

　　沙子泉是阿尔金山自然保护区的一处绝景，在东北部海拔4000米的库木库里沙漠分布着，仿佛三个巨大的“沙眼”，总名日沙子泉。三泉由坡角一线向北，汇数千股散流为一流而聚，名日大沙河，颇为壮观，可谓奇泉绝景。泉水为沙山凝聚水和基岩裂隙水补给，依沙丘而会聚成新月形水泊，故有“月牙泉”之称。夏季，沙河碧蓝清澈;冬季封冻结冰，白如银月，大可与敦煌鸣沙山的月牙泉争奇斗艳。库木库里沙漠是当今世界海拔最高的沙漠，它掩埋了近代河床及冰积物，沙丘底部潜水极为丰富，活动性较大。库木库里沙漠是野牦牛活动区，蓝天、黄沙、碧水和成群结队的野牦牛构成了阿尔金山自然保护区独特迷人的景观。

　　鲸鱼湖在保护区的东南部，平卧着一个浩渺神奇的大湖，它东西长37公里，南北宽7.6公里，面积260平方公里，湖面海拔高达4708米，水深1～10米。主要由泉水河、玉浪河及沿线的泉水汇集而成。湖水与雪山冰峰相互辉映，从卫星影像看湖的形状恰似一条横卧着的肥大鲸鱼，头东尾西，故而得名“鲸鱼湖”。湖的东段有一道长达7.5公里的自然沙砾堤，将湖水分隔成东、西两部分，中间有缺口，水可以互通。东半湖因有玉浪河大量的冰川融水注入而形成淡水湖，每年夏季都有无数的棕头鸥和赤麻鸭等飞禽在此觅食繁育、营巢度夏;而西半湖因无淡水补给，湖水含盐量高，是一个死湖。因此鲸鱼湖又多了个“阴阳湖”的外号。鲸鱼湖是世界内陆高山湖泊中的一种罕见的湖泊类型，像一颗蓝色明珠，给保护区增添了一道奇光异彩。

　　喀斯特地貌在保护区南部的阿尔喀山中，有一片古老的喀斯特地貌，面积约l万平方公里，隐藏在海拔四五千米的崇山峻岭之中。这片古老的石灰岩山体，经过千百年的风吹雨打，溶化分解，呈现出千奇百怪的形状。这里的喀斯特地貌与众不同的是岩溶地貌与冰川地貌相互交融，由于局部地区受到第四纪冰川的影响，才形成了石峰林立，崖壁奇峭，谷壑幽深，冰川悬挂，拔地而起直插蓝天的擎天柱，千姿百态;惟妙惟肖的喀斯特地貌，世所罕见，为保护区的又一大奇观。

　　在阿尔金山自然保护区内还有古石刻佛经。2000多片刻经石板，50余万字的“天书”，是关于8世纪印度僧人莲花生大师应吐蕃赞普赤松德赞的邀请入藏传播密法的内容。大量石刻佛经深藏于库鲁克皮提勒克塔格山北麓的崇山峻岭之中，个中奥秘和那些鲜为人知的历史更待人们去探索。阿尔金山狩猎区且末猎场，位于距且末县城150公里的阿尔金山北麓的塔特勒克苏与江尕勒萨依之间地区，平均海拔在3000米左右，面积为100平方公里。狩猎场对国内外游客开放。