长椿寺建于明万历二十年(公元1592年),为明神宗母亲孝定李太后下令敕建。李太后死后人们称其“九莲菩萨,寺里一直保存着一幅九莲菩萨像。明代皇帝崇祯,让画家画了一张他的生母孝纯刘太后像,也挂于寺内,今均未存。长椿寺中曾存有一座渗金多宝佛铜塔,高1.5丈,铜塔现已移至万寿寺。长椿寺在康熙年间因地震颓毁,后由首辅冯溥捐资重葺。