亭湖区在大地构造单元上属苏北断坳。自燕山运动以来，这里是持续的沉降区，沉积物深厚。亭湖区为平原地貌，地势低平，区内绝大部分地区海拔不足5米，最大相对高度不足8米。河流，主要有通榆河、串场河、新洋港等。串场河，南起海安县与通扬运河相接，向北经富安、东台、刘庄、盐城、上冈到阜宁，与射阳河相通，境内全长145公里。新洋港，在盐城市区与蟒蛇河相接，向东穿过串场河在射阳县境内入海，全长69.8公里。亭湖区土地肥沃，204国道以东地区为砂性土壤，适合根菜类生长；204国道以西为粘性土壤，适合水生蔬菜生长。