军山居于长江北岸，是南通狼五山中最东面的一座山。当军山还是海中岛屿时，相传曾为秦始皇驻军之所，而取名“军山。又因军山在五山中独尊一方，山光水色极佳，民间誉为“龙象之地。沉睡百年的军山苏醒了，普陀别院再度雄踞于军山之巅。寺院砖木结构建筑，坐北朝南，依据山形依次为山门、金水桥（下为放生池）、圆通宝殿、最后为玉佛楼。现世界上最大的翡翠观音坐像也已结缘军山普陀别院。