中国科学院新疆生态与地理研究所生物标本馆是在50年代新疆综合科学考察的基础上建立的，自1956年中国科学院新疆分院成立，即开始以新疆为代表的中国内陆干旱区生物、土壤标本进行采集、馆藏，迄今已有近50年的历史，包括植物、动物、微生物、土壤、沙样等多方面内容，现已积累馆藏各类标本约12万号。

馆藏各类标本数量为：植物：约10万余份;动物：约5200份;微生物：约2000份;土壤断面(整段)标本140余号、盒装(剖面)标本1000余号;母岩新生体、侵入体及其它土壤形成物和供测试、分析用标本若干;各类沙样及岩石、化石、出土文物等标本近2000余号。成为我国西北地区馆藏种类、数量最多的综合性标本馆之一，在国际、国内均具有典型的区域代表性。在馆藏的标本中，还有近千号模式标本和许多单型科、属及少型科、属标本;此外还包括特有物种、国家级重点保护珍稀濒危物种近200种。先后发表有关专著33部，论文70多篇;有关成果获奖40多项。

几十年来，馆藏标本对有关志书、专著、论文的编写，提供了丰富、详实的依据，例如《中国植物志》、《中国药典》、《中国稀有濒危植物红皮书》、《新疆植物名录》、《新疆药用植物志》、《新疆植物志》、《新疆沙漠植物志》、《中国土壤分类》、《荒漠碱土》、《新疆通志》等等，并为一大批国家和地方重大、重点科研项目、各类科学考察、新疆各自然保护区规划和建设等，提供了科学咨询和科学依据。