伊犁州博物馆新馆有千余件珍贵文物，其中有许多文物是首次在伊犁展出。 新馆将尽可能地全面集中反映伊犁州的文物古迹、民族习俗和历史风貌，反映伊犁各民族团结协作、共同发展的过程。博物馆在陈列艺术形式上将突出地方民族特色，馆内展出的文物将以多年来在伊犁出土的青铜器、金银器为主，也有一定数量的石器、铁器和陶器。

元代青花凤首扁壶、桶状银器1件，圆形蟾蜍纹金箔1件，扣形金饰件20枚，柱体钏形金器3件，套型金饰3件，坠型金饰2件，金丝1段，红玛瑙、绿松石、水晶等各色宝石串珠111枚。

2009年3月20日至6月21日，首都博物馆举办“青花的记忆——元代青花瓷文化展”。一件由伊犁州博物馆送展的元代青花凤首扁壶引起了国内瓷器研究专家的注意，它与首都博物馆的镇馆之宝——出土于北京西城区的元代青花凤首扁壶交相辉映，鸾凤和鸣。这件元代青花瓷器，正是约11年前，霍城县芦草沟镇西宁庄村回族残疾农民马忠从自家农田挖出后上交当地文物部门的。